Kaunasin 9. linnoitus oli viimeinen osa kaupungin 9 linnoitusta käsittävää puolustuspiiriä. Se valmistui juuri ennen Ensimmäistä maailmansotaa. Sodan jälkeen se toimi vankilana, ja neuvostomiehityksen 1940-41 aikana vankilaa ylläpiti NKVD.

Saksalaisten tulo synkisti entisestään linnoituksen historiaa, sillä siellä murhattiin yli 50.000 ihmistä, joista n. 30.000 oli juutalaisia eri puolilta Eurooppaa. Sodan jälkeen vankilatilaa tarvitsi jälleen Neuvostoliitto.

Paikalle perustettiin museo 1958, ja nykyisin museon nimi on kuvaavasti Miehitysten museo.

Massamurhan muistomerkki pystytettiin 1984, ja se on 32 m korkea. Juutalaismurhien muistolaatta paljastettiin 1991.